人工濕地應用日益增多，除了技術優勢外，其低廉的建設投資和運行費用也發揮了舉足輕重的作用。例如，某表面流人工濕地處理廠的運行費用為0.08元·m-3，深圳沙田潛流人工濕地處理廠的運行費用為0.14元·m-3，江蘇杭集鎮生活污水處理廠人工濕地深度處理系統運行費用約為0.184元·m-3。

已有分析表明，在滿負荷運行的情況下，不僅人工濕地的所有費用（建設投資、運行和維護費等）僅約為城市污水處理廠的50%，而且其運行和維護費用穩定，同時人工濕地獨特的環境價值能夠提供其約27%的運行和維護成本，具有顯著的經濟效益和環境效益。

考慮到人工濕地水力負荷低、占地面積大的特點和我國城市化進程中土地資源的緊缺狀況，大規模應用人工濕地對污水處理廠尾水進行深度處理存在一定的局限性。如大中型城鎮污水處理廠日處理水量較大，不太適宜采用人工濕地進行尾水深度處理。因此，需因地制宜，綜合考慮占地、經濟、受納水體環境質量等因素，并進一步深入分析和總結人工濕地的適用規模。基于國內人工濕地深度處理城市污水處理廠尾水的現狀，人工濕地的規模不宜過大，適于對小型城鎮污水處理廠尾水進行深度處理，日處理規模在1000~40000m3·d-1之間。

值得注意的是，氣候、季節等對人工濕地的脫氮除磷效果具有很大影響，所以在運行管理方面應特別注意，因此現在大多數人已經在建造人工濕地時使用沸石產品以確保可以長期穩定運行。干旱/半干旱地區，應挑選合適的時期收割植物，以保證人工濕地有效去除有機物和氨氮；寒冷地區可通過將水位上升到冰凍面來實現人工濕地保溫和越冬。此外，冬季氣溫較低，易造成濕地處理能力下降，出水水質不達標，可對來水進行預處理，降低進水污染負荷，這在彌補處理能力下降的同時也可預防床體堵塞。通過試驗發現，即使在寒冷冬季，通過采取隔離保溫措施，人工濕地仍然具有較好的污水處理能力。此外，還可采用改善微生物活性等辦法進一步降解污染物，實現人工濕地冬季出水達標排放。